De tijd voor bestuiving vindt plaats wanneer de planten zich in de bloeifase bevinden.
Eerst knoop je de mannelijke en vrouwelijkebloemen dicht, om kruisbestuiving te voorkomen. De gele bloemen van een pompoenplant bloeien maar 1 ochtend, dus houd ze goed in de gaten. Het verschil tussen de mannelijke en vrouwelijke bloem kun je het makkelijkst aan de onderkant van de bloemzien. Bij de vrouwelijkebloem zit al een minipompoen onder. Pak vervolgens de mannelijke bloem en haal de bloembladeren eraf zodat je goed met het stuifmeel bij de stamper kan komen. Daarna knoop je de vrouwelijke bloem weer dicht om te voorkomen dat er een bij inkruipt.